非淋菌性尿道炎的治疗时间一般在1-3周。通常情况下，若患者病情较轻，身体抵抗力较好，且能及时规范治疗，1周左右即可治愈；而病情较重、身体状况较差或者治疗不及时不规范的患者，可能需要3周时间才能治好。
非淋菌性尿道炎主要由沙眼衣原体、生殖支原体、解脲脲原体和人型支原体等病原体感染引起。治疗时使用的抗生素需要一定时间来抑制和杀灭病原体。药物进入人体后，要经过吸收、分布，到达感染部位发挥作用，这个过程需要时间。而且病原体的清除也不是一蹴而就的，需要持续的药物作用，直到病原体被完全清除，症状消失，各项检查指标恢复正常。
在治疗过程中，病情的严重程度、病原体的种类和耐药性等都会影响治疗时间。如果感染的病原体对所用抗生素敏感，治疗效果会较好，时间也会相对较短；若病原体产生了耐药性，就需要更换药物，这会延长治疗时间。患者的生活习惯也会影响治疗进程。比如治疗期间仍有不规律作息、饮酒、食用辛辣刺激性食物等行为，可能会降低身体免疫力，影响治疗效果，导致治疗时间延长。
治疗非淋菌性尿道炎要严格按照医生的方案进行，足量、足疗程用药，不能自行增减药量或停药。治疗期间要保持良好的生活习惯，保证充足睡眠，避免过度劳累，饮食上多吃富含营养、清淡易消化的食物，多喝水、多排尿，以促进身体恢复。同时，要避免性行为，防止交叉感染，定期复查，以便医生及时了解治疗效果并调整治疗方案。